前身是广西壮族自治区交通科学研究所，1984年12月成立。作为广西交通厅下属科技型事业单位，2003年12月由事业单位转为科技型企业，目前已发展成为在广西交通系统中集科研、设计、施工为一体的重要力量，是广西新发展交通集团有限公司核心子公司，2008年5月10日，广西交通科学研究所正式更名为广西交通科学研究院。