福建省港航勘察设计研究院前身为始建于1994年。经过近20年的艰苦创业和持续发展，该院已发展为具有水运和公路工程规划、勘测、设计、科研、咨询、监理、论证等综合能力的设计院。目前该院持有国家建设部颁发的水运工程(航道、港口)设计甲级、港口河海工程咨询甲级、工程测量甲级、水运工程全行业乙级以及福建省建设厅颁发的公路工程设计丙级和水运工程监理丙级等资质证书。福建省水运工程重点实验室和福建省港航数学模型仿真技术研究中心均设在该院。下属勘测中心持有国家测绘局颁发的海洋测绘甲级和地理信息系统工程（乙级）测绘资质证书。 
     该院专业配备齐全，技术力量雄厚，拥有现代化设计、勘测的仪器设备和手段。现有职工150多人，高中级职称50多人，教授级高工3人，各类注册工程师10多人。近十年来，该院承担了国内首条40万吨级航道设计，累计完成各类大中型工程勘测设计及科研课题达300多项，有10多项工程勘察设计咨询成果先后荣获省部级优秀奖，在省内外赢得了良好的信誉。该院的党建、精神文明建设等项工作有近70人次先后受到国家、省、市、厅、局级表彰，院荣获福建省直机关第七届、第九届、第十届文明单位称号。