该院前身为1962年9月创建的福建省水利电力厅下属的九龙江流域规划队，1971年3月整个队伍归属龙溪地区管辖，与省水利厅九龙江疏浚工程处合并组建为福建省龙溪地区水利水电工程队，1981年9月改为龙溪地区水利水电工程处，1984年6月更名为龙溪地区水利水电勘测设计院，随着地改市的建制1987 年1月更名为福建省漳州市水利水电勘测设计院，1994年10月起更名为福建省漳州市水利水电勘测设计研究院。 
     该院属自收自支，实行企业化管理的全民所有制事业单位，注册资金903.6万元，现有从业人员133人，拥有各类专业技术人员98人，其中高中级技术职称人员75人，主要从事水利水电工程规划、咨询、勘测设计工作，现为福建省勘察设计协会及福建省工程咨询协会会员单位。主要资质范围：建设部颁发的工程勘察专业类岩土工程（勘察、咨询、监理）工程勘察甲级，水利行业（水库枢纽、灌溉排涝、城市防洪）工程设计乙级；国家发改委颁发的水利水电工程咨询乙级资质；福建省建设厅颁发的水文地质勘察、工程测量乙级，水利行业（引调水、河道整治、围垦工程）工程设计丙级，电力行业（水力发电）工程设计乙级，电力行业（变电工程、送电工程）工程设计丙级，建筑行业（建筑工程）工程设计乙级，市政行业（给水工程）工程设计丙级；福建省水利厅颁发的建设项目水资源论证乙级资质，水文、水资源调查评价乙级资质，水库大坝安全鉴定乙级资质，水利工程施工图审查机构二类证书；福建省测绘局颁发的乙级测绘资质等。