农业部沼气科学研究所成立于1979年，直属中国农业科学院，地处四川成都，是国内沼气领域集研究、技术开发和培训为一体的科研机构，担负着国家有关农村能源及环境保护方面重大基础及应用研究任务。
     现有在职职工116人，正高级11人，副高级26人，中级30人，博士学位14人，硕士学位38人，国务院特殊津贴获得者13人，农业部有突出贡献专家3人，四川省有突出贡献专家1人，中国农科院杰出人才10人。 博导1人、硕导17人，在读硕士研究生18人。
研究所下设微生物研究中心、沼气工程研究中心、农村能源研究中心、生物质能源研究中心、农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心、培训与信息研究中心6个科研部门，并建有农业部农村可再生能源开发利用重点实验室、四川省沼气工程中心、四川省厌氧微生物资源中心、四川省沼气技术国际科技合作基地和中国农业科学院农村能源新材料应用研究中心等科技创新平台和“联合国粮农组织参考中心分中心”、“农业行业特有工种职业鉴定站”、“农业部成都能源环境工程设计所”、“沼气所科技开发公司”和成都环能国际合作公司等行业技术服务与成果转化平台及四川省双流县公兴基地等科技支撑平台，编辑出版《中国沼气》专业学术期刊(2012年入选中文核心期刊目录)和创办农村沼气行业最有影响力的“中国沼气网”。
     我所技术力量雄厚，基础设施完善，实验设备精良，在国内外沼气工程技术领域、厌氧微生物基础性及应用基础理论研究领域享有较高的声誉。我所主要承担以沼气为主的农村可再生能源以及农村能源与农村环境治理、农业生态修复交叉领域的基础和应用基础研究、前沿理论研究、重大关键共性技术研究等公益性科研工作以及相应的技术示范服务、培训工作。“七五”以来，我所共承担并完成400项国家和部省级科研项目，其中有30余项科技成果获国家和省部级科技进步奖，获得专利27项，主持、参与制定或修订沼气行业国家标准规范32项。此外，完成了600余项大中型沼气工程设计、施工与调试，项目涉及工业有机废水、城镇生活污水、大型畜禽养殖场废弃物厌氧消化处理及达标排放处理。
     我所2003年开始招收硕士研究生，2010年具备了招收环境科学博士研究生的资格，2011年开始招收硕士留学生，截止2013年已累计培养硕士研究生56人，其中留学生1人。我所现有博导1人，硕导17人。目前已设置的专业有：微生物学(071005)、生物化学与分子生物学(071010)、设施农业与环境工程(0713Z2)、农业生物环境与能源工程(082803)、环境科学(083001)及环境工程(083002)等。主要从事厌氧微生物基础性及应用基础理论研究、沼气发酵工艺及装置研究、高浓度有机废水厌氧消化工艺及厌氧消化液后处理、城镇生活污水分散厌氧处理、沼气脱硫与废水脱氮除磷、沼气生产及热电联供系统工程技术研究、沼气生产、净化及利用装备及相关设备的研制开发、农村能源、生态建设技术及有关政策研究、生物质能源综合利用技术研究，并培养相关专业的博士及硕士研究生。